Hay multitud de programas y aplicaciones para GNU/Linux, la mejor forma de encontrarlos es visitando las siguientes páginas:
Direcciones útiles
http://www.distrowatch.com/, Comparativas de las distribuciones GNU/Linux más importantes. Un buen punto de partida para conocer las distintas distribuciones existentes
http://freshmeat.net, Este sitio está dedicado a la recolección de Software Libre de todo tipo, dividido por categorías
http://metalab.unc.edu, Repositorio de software y distribuciones de GNU/Linux
http://www.kernel.org, Sitio principal para obtener el código fuente de Linux
http://www.linuxiso.org, Página donde podrás encontrar las imagenes ISO de algunas distribuciones de GNU/Linux, listas para ser grabadas
http://rpmfind.net, Buscador de aplicaciones, la característica de este es que todos los programas están empaquetados en RPM
http://sourceforge.net/, Servicios gratuitos para los desarrolladores de Software Libre, en el que se podrán encontrar aplicaciones de código abierto de todo tipo